《萌菌物语》以一座架空的农学院为舞台，讲述了主人公泽木惣右卫门直保的爆笑大学生感性的人来拍电影写剧本就是这样，对情绪的感知力让他们能够准确、快速地捕捉到人们生活的喜怒哀乐，并加倍地呈现出来，堆叠直到高潮。。直保拥有可以看见常人看不见的“菌”的特异体质，而且能够听懂“菌语”。这种能力在直保所从事的领域简直可以称为“媲美3亿元电子显微镜的能力”，从而引起了一系列小小的骚动。